琼山会馆的总面积约1000多平方米，为三进二层四合院，第一进院为山门，门顶镶嵌一块石匾，题名“琼山会馆”。厅里正中有木板雕刻屏风，有两个天井将三进院隔开，第一、第二进厅均砌成骑马脊，第二进厅前后有轩廊，屋顶为悬山式，第二、第三进均为二层楼阁，勾头滴水为绿琉璃瓦，地板用红砖、石板铺砌。