金门国家公园汇集了金门丰富的人文史迹及自然生态。比较知名的有：琼林蔡氏祠堂、文台宝塔、水头黄氏酉堂别业、虚江啸卧群谒、邱良功墓园、汉影云根谒、振威第、琼林一门三节坊、海印寺石门关、水尾塔、蔡攀龙墓等，每一处古迹都记载着它曾在历史走过的痕迹。