鹿儿岛有巨大海流“黑潮”，鲸鲨、鲣鱼、金枪鱼等鱼类顺流而来。从屋久岛、种子岛到与论岛连绵的群岛“西南诸岛”周围珊瑚礁发达。鹿儿岛水族分别按2楼的“黑潮之海”、“西南诸岛之海”以及4楼以锦江湾为中心的“鹿儿岛之海”等主题展示。