巴彦淖尔市图书馆内设图书馆行政办公区、图书流通部、图书检索大厅、期刊阅览室、文献采编部，图书馆总入藏量为24余万册，其中包含蒙古文图书、地方文献资料、中文期刊等类别。除此之外，在古籍线装藏书中不乏名贵版本和珍品，如明代刻本、清内府刻本及罕见的写本等。